化学、生物与自动化实验室
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Path2Space 针对 spatial transcriptomics 的核心瓶颈:ST assay 成本高,难以在大规模临床队列中用于 biomarker discovery。
方法训练深度学习模型从常规病理切片直接预测空间基因表达,在乳腺癌 ST 数据上学习后可预测数千个基因的空间表达,并优于 21 个既有方法。
论文将模型应用到 976 个 TCGA 乳腺癌样本,推断肿瘤微环境细胞丰度,识别具有不同生存结局的空间亚型,并比 bulk sequencing biomarker 更好预测化疗和 trastuzumab 响应。
它值得正式收录,因为它把 AI 从病理图像分类推进到低成本替代空间分子测量的发现工作流,直接改变大队列空间 biomarker discovery 的可行性。