化学、生物与自动化实验室
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问题与背景：酶设计通常从过渡态周围的催化官能团理想几何出发，但现有 AI 方法往往要求预先指定残基位置或从侧链反推主链，限制了活性位设计自由度。
方法与机制：RFdiffusion2 直接从 functional group geometry 生成可放置活性位的蛋白支架，不需要指定残基顺序，也避免了逆 rotamer 生成路径。论文在 41 个多样 active-site benchmark 上展示显著更强的 scaffold 能力，并进一步设计多类催化机制。
为什么重要：这是生成式蛋白结构设计从 binding/scaffolding 走向原子级酶活性位设计的核心方法论文，与已收录的 metallohydrolase 应用互补。它提供的是更底层的可复用 enzyme-design primitive。
局限：虽然方法跨 benchmark 强，但真实酶活性仍需实验筛选和后续优化；广泛反应类型、细胞环境和产业级酶工程的扩展性还需时间检验。